Synod Rzymski za papieża Damazego.
Rok 382 po Chr.

Największe kontrowersje powstały na Wschodzie. Zachód w zdecydowanej większości przyjmował kanon 46 ksiąg w Starym Testamencie. Za sprawą św. Augustyna synody w Hipponie (393 r.) i Kartaginie (397 i 419 r.) uznały sporne księgi za kanoniczne, uczynił to również w 405 r. papież Innocenty I. Grecy przyjęli Stary Testament w liczbie 46 ksiąg na synodzie trellańskim w 692 r. Od tego czasu aż do Reformacji panowała w tej kwestii jednomyślność.

W pierwszych dwu wiekach Kościół posługiwał się głównie Septuagintą, czyli greckim przekładem Biblii hebrajskiej z deuterokanonicznymi dodatkami, przyjmując tym samym Boską inspirację ksiąg deuterokanonicznych Starego Testamentu. Większa część cytatów ze Starego Testamentu w Nowym (300 na 350) pochodzi właśnie z Septuaginty. W Nowym Testamencie znajduje się 1951 cytatów i wyraźnych aluzji do Starego Testamentu, w tym 67 do ksiąg deuterokanonicznych, co przemawia za tym, że Apostołowie przyjmowali księgi deuterokanoniczne jako natchnione. Septuagintę wraz ze znajdującymi się tam księgami deuterokanonicznymi cytują najwcześniejsi pisarze chrześcijańscy (tzw. Ojcowie Apostolscy) na równi z księgami protokanonicznymi. Kłopoty z uznaniem natchnienia ksiąg deuterokanonicznych Starego Testamentu zaczęły się pod koniec II po Chr., kiedy to dochodziło coraz częściej do sporów z Żydami, którzy posługiwali się kanonem palestyńskim.